藥廠工藝設計是藥廠設計的主要環節，工藝設計的好壞直接影響生產和技術的合理性，并且與建設費用、藥品生產質量、產品成本、勞動強度等都有密切的關系。同時，工藝設計又是其他非工藝設計的依據。因此，工藝設計在生物制藥工廠工程設計中占有非常重要的地位。工藝設計的主要內容如下。

1、確定生產工藝流程。

2、進行物料計算。

3、工藝設備選型和計算

4、車間工藝設備布置。

5、確定勞動定員及生產班制。

6、車間水、電、汽（氣）、冷公用工程用量的估算。

7、管路計算和設計。

8、設計說明書的編寫。

9、概預算的編寫。

10、非工藝項目的設計。

此外，還必須向其他專業提出下列要求。

1、工藝流程、車間布置對總平面布置相對位置的要求

2、工藝對土建、暖通、自控等非工藝專業設計的要求。

3、車間水、電、汽（氣）、冷用量及負荷要求。

4、工藝用水的水質要求。

5、對排水性質、流量及廢水處理的要求

通過工藝設計，應使生物制藥工廠在工藝技術、設備布置和選型、勞動組織等方面能保證設計項目投產后正常生產、經濟適用，符合GMP，并在產品的數量和質量上達到設計要求。